В рамках своей деятельности ФГУП «Нацрыбресурс» осуществляет:
- эксплуатацию рыбопромыслового и вспомогательного флота;
- проведение девиационных работ на судах;
- безопасность мореплавания.
Предприятие имеет действующую лицензию на осуществление буксировок морским транспортом.
В хозяйственном ведении ФГУП «Нацрыбресурс» находятся суда рыбопромыслового и вспомогательного флота.