Научная деятельность проводится Научно-исследовательским центром ФГУП «Нацрыбресурс», в состав которого входят:

- отдел Дальневосточного бассейна;

- отдел Северного бассейна;

Кроме того, Центр осуществляет научно-методическое руководство работой:

- редакции журнала «Рыбное хозяйство»;

- отдела - журнал «Вопросы рыболовства»;

- аквариального комплекса павильона Рыбное хозяйство на ВВЦ;

Работы ведутся по нескольким базовым направлениям:

· Комплексный мониторинг и исследования биологии, численности и распространения морских биоресурсов во всех основных районах рыболовства российского рыбопромыслового флота;

· Выполнение государственных контрактов на проведение исследований в области экономики, управления, права, информатизации для нужд Федерального агентства по рыболовству;

· Научная и информационная отраслевая издательская деятельность (редакции отраслевых журналов «Рыбное хозяйство» и «Вопросы рыболовства»). Журналы включены ВАК Минобрнауки России в Перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий, в которых рекомендовано опубликование основных научных результатов диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата наук;

· оказание ряда научно-информационных услуг в сфере рыбного хозяйства (консультации по экономическим, правовым, экологическим, технологическим и техническим вопросам; разработка стратегии перспективного развития региона или предприятия, рыбоводно-биологических и технико-экономических обоснований, заданий на проектирование для организации новых и реконструкции существующих предприятий, рыбоводных участков, цехов и хозяйств, систем их водоснабжения, водоотведения; оказание научно-методической помощи в подготовке, дипломов, диссертаций, в публикации научных материалов);

Выставочная и научно-прикладная рыбоводная деятельность осуществляется в павильоне «Рыбное хозяйство» на ВВЦ, где функционирует оборудованный системами жизнеобеспечения аквариальный комплекс, оснащенный экспозиционными, техническими аквариумами и бассейнами с замкнутым циклом водоиспользования общим объемом более 140 м³ с лабораторными приборами и оборудованием.

Отдел аквариального комплекса Предприятия проводит работу по содержанию около 30 видов морских и пресноводных гидробионтов. Важное место в работе специалистов занимает эксплуатация трех выставочных аквариумов объёмом 30 м³ каждый, в которых сформирована выставочная экспозиция, представляющая основные виды объектов разведения в аквакультуре: сибирский и русский осетр, стерлядь, карп, карась, толстолобик, белый и черный амуры, канальный и европейский сом, радужная форель и т.д.

Аквариальный комплекс может осуществлять разнообразные функции: выставочную и коммерческую деятельность, работы, связанные с отраслевой и академической наукой. Комплекс из 12-ти демонстрационных аквариумов является уникальным и единственным в Москве.Аквариумы комплекса используются для съёмок художественных фильмов, музыкальных клипов, рекламных роликов, популярных передач и т.д.

        ФГУП «Национальные рыбные ресурсы» имеет в хозяйственном ведении два научно-промысловых судна СРТМ ПИНРО-1 и ПИНРО-2. Имеется научное эхометрическое оборудование (эхосчет, эхоинтеграция, измерение силы целей) фирмы «Симрад», акустические траловые зонды, акустические доплеровские измерители течений, СТД-зонды, судовые метеостанции, оборудование для добычи гидробионтов.