Федеральное государственное унитарное предприятие «Национальные рыбные ресурсы» (ФГУП «Нацрыбресурс») было создано 9 сентября 1999 года в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 18 июня 1999 года № 951-р с целью выполнения мероприятий по формированию целевого бюджетного Фонда управления, изучения, сохранения и воспроизводства водных биологических ресурсов за счет средств, получаемых от реализации квот вылова водных биологических ресурсов российским (в том числе и с участием иностранного капитала) и иностранным юридическим лицам для выполнения обязательств, определяемых постановлениями Правительства РФ и межправительственных соглашений.

В соответствии с указом Президента РФ № 1009 от 04.08.2004 (с изменениями и дополнениями) ФГУП «Нацрыбресурс» включено в перечень стратегических предприятий.